Przeszczep mikrobioty jelitowej to procedura, w której osobie chorej podaje się podczas gastroskopii zawiesinę sporządzoną z kału zdrowych dawców, w celu poprawy składu i różnorodności flory bakteryjnej pacjenta. Przy infekcji Clostridium difficile przeszczep flory jelitowej jest, obok antybiotyków, podstawową i najbardziej skuteczną metodą leczenia.

Główne objawy infekcji to wystąpienie biegunki o bardzo dużym nasileniu, w połączeniu z bólem brzucha. Dotyka najczęściej osoby, które skończyły długotrwałą antybiotykoterapię, osoby starsze i z obniżoną odpornością, a także chorych z nieswoistymi zapaleniami jelit.
Czynnikiem ryzyka może być również pobyt w szpitalu.

Obiektem zainteresowań badaczy z całego świata w kontekście leczenia mikroflorą jelitową są nie tylko choroby czynnościowe i zapalne przewodu pokarmowego (m.in zespół jelita drażliwego, choroba Leśniowskiego Crohna, wrzodziejące zapalenie jelita grubego), ale również inne choroby autoimmunologiczne.